בפרשת קרח אנו נתקלים ברפואה סגולית, בה משתמש משה כדי לעצור את המגיפה בבני קרח, כלשון הכתוב: "ויאמר משה אל אהרון, קח את המחתה ... ושים עליה קטורת ותעצר המגפה". את סגולת הקטורת לעצירת מגפה קיבל משה רבינו, כשהיה בהר, ממלאך המוות (רש"י).
נחלקו הפוסקים, ראשונים ואחרונים, האם מותר לחלל שבת במצב של פיקוח נפש, עבור רפואה שאינה מוכחת מדעית, כגון השגת תרופות לא מדעיות ורקיחתם? וכן האם ניתן לנסוע להתפלל בציוּן, או לשלוח שליח או פקס לצדיק, כדי שהתפלל על החולה?
הרדב"ז בח"ה (סי' קנ"ז) הסיק לדעת הרמב"ם, שרפואות סגוליות אינם רפואה כלל, ואפילו ספק רפואה אין בה. וכך כתב הרמב"ם בהלכות שבת: "יוצאין בכל דבר שתולין אותו משום רפואה, והוא שיאמרו הרופאים שהוא מועיל". ולכן חלילה מלחלל עליה את השבת.
לעומתו הסיק בעל ה'ברכי יוסף', שלדעת הרשב"א והרמב"ן מותר לחלל שבת ברפואה סגולית ודאית. אך בספק אם היא מרפאה אסור, ואף סיים את דבריו וכתב: "דמי שחילל שבת ברפואה סגולית, כי היה סבור שמותר בכך, ודאי אין בכך עוון". בשו"ת 'ובחרת בחיים' לגאון ר' שלמה קלוגר, מסופר שבקהילת זלאטשוב היה חולה בסכנת נפשות, והורה אחד הדיינים במקום שיש היתר לכתוב 'קוויטל' ולנסוע בשבת לצדיק, על מנת שיתפלל עליו. וכתב על זה, שזו הוראה מקולקלת מאד מאד.
כי אף על פי שהדין פשוט, שפיקוח נפש דוחה שבת, מכל מקום אין ההיתר אלא ברפואה שהיא דרך הטבע, או רפואה בדוקה ומנוסה, אבל רפואה בדרך ניסית/תפילה, לא הותר בשום אופן, אפילו יהיה הצדיק המתפלל צדיק כר' חנינא בן דוסא. ולא ניתן לדחות שבת עבור זה אפילו בשבות דרבנן, וכל שכן באיסורי דאורייתא.
מסופר שכאשר הגיע הקוויטל לאב"ד של בעלז, הוא כעס מאוד על הדיין שהתיר ופסל אותו מלהורות ולפסוק. ועוד ציין האב"ד, שעכשיו הוא מחויב להתאמץ, שהחולה יתרפא, כדי שלא יגרם על ידו חילול שבת. לכן, עקרונית, מי שעושה איזה שהוא רפואה שאינה בדוקה מדעית, הרי שזה כרוך בחילול שבת.
ראוי לציין שהרב"ז כתב, שמעיקר הדין מותר לחלל שבת, אף בכל דבר סגולי, אם זה יגרום ליישוב דעתו של החולה, ככל דבר שיכול ליישב דעתו, והיתר הדבר כגון הדלקת אור וכדו', למרות שאין זה רפואה ישירה למחלתו. מעניין שבספרי החיד"א מופיע, שרבינו פרץ כתב בשבת קמיע ליולדת היושבת על המשבר, והתנה זאת, בתנאי שיהיה הכותב אתמחי גברא וידוע שצדיק הוא, והצדיק עושה נפלאות בתפילותיו.
אם בקמיעות וסגולות עסקינן, השבוע חל יום פטירתו של מו"ר המדריכנו בדרך אמת הגר"מ אליהו זצ"ל, ותמיד בהתייעצות עימו כיצד לפעול בשעות קשות, הורָה שהסגולה הטובה והבדוקה ביותר היא תפילה מעומקא דליבא, להרבות תלמוד תורה ואהבת הבריות, שאין לך סגולה גדולה מזו.