לראשונה מזה למעלה מיובל שנים, התקיימו ביום הכיפורים בהר הבית תפילות מלאות של כל תפילות היום - שחרית ומוסף, מנחה ונעילה.
חלק מהעולים התפללו בעל פה מתוך הזיכרון, וחלקם הגיעו מצויידים בדפי תפילה. גם סדר העבודה נאמרה במלואה בהתרגשות גדולה מול מקום המזבח, הקודש וקודש הקדשים. כאשר המתפללים מראים באצבעם על כל חלק בסדר העבודה את המקום שבו היה נעשה.
בסיום סדר העבודה התפללו העולים את התפילה הקצרה שהיה הכהן הגדול מתפלל בבית המקדש, בתוספת בקשה שנזכה לראות שוב כהן גדול עומד ומשרת במקום.
הפעם הקודמת שנאמרה תפילת יום הכיפורים ביום הכיפורים על הר הבית היתה בשנת תשכ"ח, חצי שנה אחרי שיחרור ההר, כאשר הרב מנחם הכהן אירגן מניין על ההר של חיילי הרבנות הצבאית. על התפילה הזו נכתב ב'מצב הרוח' מס' 404, ערב יום הכיפורים תשע"ז.
במשך כל ימי חגי תשרי התקיימו תפילות של יהודים על הר הבית.
8,320 יהודים התפללו בהר הבית מהיום הראשון של סליחות עד לחג שמחת תורה. זוהי עלייה של 11% ביחס לתקופה המקבילה בשנה שלפני הקורונה.
בראש השנה התקיימה תפילת שחרית על ההר במעמד קהל רב. לאחר מכן התכנסו העולים ברחבת הכניסה להר הבית, לתקיעת שופר ולתפילת מוסף עם תקיעות שעדיין מנועות בהר הבית. המשטרה איפשרה להם להביא לרחבת הכניסה שמחוץ להר ספר תורה לקריאת פרשת היום בהשתתפות הרב יצחק ברנד, הרב אליהו וובר שירד לפני התיבה והרב שמשון אלבוים ממינהלת הר הבית שזכה לתשואות העולים בעלייתו לתורה בגין זכויותיו וחלקו בשיפור העליה להר הבית בשנים האחרונות, עד לכדי הסדרת התפילות במקום. בסיום התפילה עלו המתפללים להקפה נוספת של מקום המקדש.
גם תפילות החג ראשון של סוכות, חול המועד ושמחת תורה התקיימו בהר הבית, ובימים רבים בזו אחר זו. תפילות שחרית, קריאת ההלל, ומוסף בנוסחאות המיוחדות של הר הבית. ברוב קבוצות הבוקר בהר הבית התקיימו תפילות מוסף בציבור. היו גם מי שעלו עם לולבים בכנפיהם. חלקם נתפסו והורחקו ממהר, וחלקם שלא הוציאו את מטמונם זכו ועלו עמהם יום אחר יום.
בין העולים להר היו חסידים רבים, שחבשו 'שטריימלים' כנהוג בחצרות החסידים בחגים וימים טובים.
המוסלמים דיווחו על הרחקות ומעצרים של ערבים שתיכננו להתנכל למתפללים יהודים. ואף על עצירתם של אוטובוסים עם צעירים שנסעו להר הבית בחג שמחת תורה, כדי להתפרע ולהפריע לעליות היהודים.
מינהלת הר הבית הודתה למפקדי המשטרה שפיקחו מקרוב על תנועת העולים להר בתקופת החג, על ההתנהלות היעילה בהר הבית: מפקד ההר ירון ביטון, מפקד המקומות הקדושים דני מזרחי, ומפקד העיר העתיקה נתי גור. גם מפקד המחוז דורון תורג'מן ירד לשטח ושוחח עם העולים. רבים הודו לו על המהפך החיובי בהר, שהוא שותף לו עוד מימיו כמפקד העיר העתיקה.