בש"ס מובאים שלושה טעמים לנטילת מים אחרונים קודם ברכת המזון: הגמרא בחולין אומרת: "מים אחרונים חובה... מפני שמלח סדומית, יש שמסמא את העיניים"; בגמרא בברכות מובא טעם מלימוד מהפסוק: "והתקדשתם והייתם קדושים – והתקדשתם זה מים ראשונים, והייתם קדושים אלו מים אחרונים"; והרא"ש ביאר את שתי השיטות בגמרא משום "קדושה זו מצוה", אך מפני הסכנה של מלח סדומית זו חובה. בגמרא במסכת יומא מובא, שמים אחרונים חובה, כיוון שהם הרגו את הנפש (סיפור שמופיע שם בגמרא).
השו"ע באו"ח סימן קפ"א, הביא פעמיים בסימן אחד את דין מים אחרונים: בסעיף א' כתב: "מים אחרונים חובה". ובסעיף י' כתב: "יש שאין נוהגים ליטול מים אחרונים; ואפילו לנוהגים כן, אדם שהוא איסטניס ורגיל ליטול ידיו אחר הסעודה, לדידיה הוו ידים מזוהמות, וצריך ליטול ידיו קודם ברכת המזון".
ולפלא בעיני שהרבה אינם מקפידים כיום על מים אחרונים בסוף סעודתם, קודם ברכת המזון, הגם שכיום לא מצוי מלח סדומית, אך כיון שישנם טעמים נוספים בגמרא, וכן מובך ממהלך השו"ע, שפסק שיש חובה ליטול.
וכך גם כתב המשנה ברורה שם: "שאין נוהגים וכו' - מפני שאין מלח סדומית מצוי בינינו, ומשום ידים מזוהמות אין חוששין, הואיל ועכשיו אין מקפידין לרחצן מלכלוך המאכל, אין זה קרוי זוהמא לנו. ודעת הגר"א בביאורו דצריך ליטול גם האידנא, דטעם מלח סדומית וידים מזוהמות, גם עתה שייך, וכמ"ש בס"א וכ"כ המ"א בשם המקובלים, דכל אדם יזהר במים אחרונים, וכן החמיר המהרש"ל בים של שלמה, וכ"כ הברכי יוסף ע"ש, שהחמיר הרבה בזה".
וכן טעמים רבים בסוד, הובאו על חיוב נטילת מים אחרונים. כך כתב הפסקי תשובות: "מים אחרונים חובה. הנה, אם כי בגמרא (חולין ק"ה ע"ב ועוד), נתנו טעמים לחיוב נטילת מים אחרונים כדי שלא יהיו ידיו מלוכלכות מזוהמת המאכל בשעה שמברך, וגם משום חשש מלח סדומית (ומלח אחר שטבעה כמותה) שמא נמצא במאכלים ומסמא את העינים למי שנוגע במלח ואח"כ נוגע בעיניו, מ"מ בזוה"ק (תרומה קנ"ד, ועוד) כתוב, שיש סוד גדול ונורא בנטילת מים אחרונים, שבזה נותן לחיצונים הרודפים אחריו להזיקו ולקלקלו את חלקם, ומניחים אותו לנפשו. ולכן כתבו המהרש"ל והמג"א והגר"א והברכ"י, שאפילו באופן שלא טינף ידיו מזוהמת התבשיל וממלח... - בכל זאת יש ליזהר מאד בנטילת מים אחרונים".
וכבר כתב בשו"ת מן השמים (להר"י ממרויש ז"ל): "מים ראשונים ואחרונים, דבר שבקדושה הם וכו', והמקיל בהם, מקילין לו ימיו ושנותיו". ובקב הישר (פי"ג): "ראיתי העולם מקילים בזה, והם מתחייבים בנפשם, על שעוברים על דברי חז"ל וכו', ובספרי קבלה יש בזה סוד גדול למה הוא חיוב יותר לרחוץ במים אחרונים מן הראשונים".
ועוד כתב בקב הישר (שם), שדברי הגמרא (שבת ס"ב ע"ב): "אמר רב אשי: אנא משאי מלוא ידי מיא, ויהבו לי מלוא חפני טיבותא", מתייחסים גם למים אחרונים, וכלשונו שם: "שלכן מילא הקדוש ברוך הוא את ביתו של רב אשי בטובה ובעשירות (כי רב אשי עשיר גדול היה), והזהירות במים ראשונים ואחרונים הם מהדברים המקדשים את האדם".
ספרי קודש רבים אומרים, שבשל הזהירות ליטול על פי כל כללי ההלכה, זוכה האדם לברכה ושפע טוב. לכן יזהר כל אדם ליטול מים אחרונים, כפי הדינים המבוארים על פי הפוסקים, ואפילו לא אכל אלא פת יבשה וחריבה וידיו נקיות ביותר, ואפילו לא נגע במאכלים כלל, אלא אכל בכף ומזלג, ואפילו אכל כשידיו כרוכות במפה (ניילון וכדו'), ואפילו אוכל יחידי, יטול ידיו במים אחרונים.