כמו בבדיחה הידועה על היהודי שכשספינתו איימה לטבוע הוא הטיל לים תחילה את הטלית והתפילין, נהג גם צה"ל – להבדיל – בעת שבנה את בסיס האם של יחידת 'רפאים', יחידת החוד של צה"ל שכמותה לא היתה עד כה בצה"ל: כל תנאי הרווחה נבנו בה, ורק את בית הכנסת 'שכחו'.
צה"ל השקיע מאמצים ומשאבים כספיים רבים בהקמת הבסיס החדש, של היחידה הקרויה 'רפאים: היחידה הרב ממדית', שמטרתה להשמיד אוייב בכל מצב. זו יחידת חוד, שלמענה הוקם למענה בסיס חדש, עצמאי, שמוגדר סודי, בצמוד לבסיס אחר שלו. בבסיס החדש הוקמו מיתקני רווחה לרוב, על פי תקנים מחמירים: חדרי אוכל משוכללים, מועדונים וחדר כושר, מקלחות ומגרש כדורגל וכל מה שנחוץ לשדרג את תקופת השירות בתחומי המחנה. המיתקן היחיד שבנייתו 'נשכחה' משום מה, הוא כאמור בית הכנסת.
וזאת, למרבה התמיהה, דווקא ביחידה שרבים מאוד בקרב חייליה, יש אומרים 40-50%, הם חיילים שומרי מצוות, כולל בני ישיבות וסרוגים אחרים המקפידים, במידת האפשר, על תפילות במניין מסודר בבית כנסת. מפקד היחידה, אל"מ איתמר בן חיים, אף הוא 'סרוג', יליד נוה דקלים, היישוב הגדול שחרב בגוש-קטיף. בן חיים הוא מפקדה השני של היחידה, אחרי מייסדה אל"מ עמי ביטון, כיום מפקד החטיבה הצפונית בעוצבת שועלי האש.
חיילים סרוגים לא מעטים התלוננו על המצב וטענו שבעוד שצה"ל דאג למיתקני רווחה נוחים בבסיס, הרי "לא ייתכן שהתקציב נגמר דווקא כשמדובר בבית כנסת, שחשיבותו אינה פחותה מאיזשהו מועדון או שקם".
החיילים טענו כי הם נאלצים לצעוד רגלי כרבע שעה עד לבית הכנסת בבסיס הסמוך, וכך הם מאבדים זמן יקר שנועד מלכתחילה למנוחה ולניצול אחר. היו חיילים שביקשו שיתקינו בבסיס מבנה זמני – מכוּלַת בית כנסת ניידת מן הסוג המופעל בידי הרבנות הצבאית בתרגילי שדה, או אוהל שיוקצה לתפילות, אך לא נענו. לטענתם, הואיל והקמת האוהל, או הבאת המכלה, אינם דורשים השקעה כבדה, יתכן שהדבר מצביע על זלזול בהם או בהשקפתם הדתית.
פרוייקט הדגל של הרמטכ"ל
בתגובה נמסר מדובר צה"ל כי "לרשות החיילים ביחידה עומד בית הכנסת של בסיס המרו״ם שממוקם צמוד לבסיס היחידה הרב ממדית. לצד זאת צה״ל בוחן אפשרות להקמת בית כנסת פרטני ביחידה במטרה לאפשר לחיילים נוחות מירבית. נציין כי הפתרון בו חיילים מהיחידה מתפללים בבית הכנסת בבסיס הסמוך, עומד בפקודות ונהלי הצבא".
בצה"ל טענו כי בית הכנסת הקרוב נמצא בסמוך ליחידה, במרחק של כ-5 דקות הליכה; ושאם יש לחיילים פתרון לבית תפילה בבסיס, אין חובה להקים בכל יחידה בית כנסת.
בארגון 'תורת לחימה', שעיסוקו חיזוק ושמירת רוח צה"ל, וברשותו הצטברו תלונות על היעדר בית כנסת בבסיס יחידת רפאים, אמרו כי יש להחזיר בבסיס רפאים את הכבוד ליהדות וללוחמים שומרים המצוות. יו"ר הארגון סרן (מיל') הרב אביעד גדות, אמר ל'מצב הרוח': "היחידה הרב ממדית הינה פרוייקט דגל של הרמטכ"ל כוכבי, בו הושקע תקציב עצום. ביחידה, כבכל יחידות החוד הקרביות של צה"ל, משרתים לוחמים דתיים ומסורתיים רבים אשר פנו לתורת לחימה מתוך תחושה של זלזול בצורך היהודי הבסיסי בבית כנסת. למרות הסמיכות ליחידות אחרות, ביחידה הוקמו מגורים, משרדים, חדר אוכל, חדר כושר, מועדון, שקם, ואפילו מגרש כדורגל בכדי לחסוך הליכה מיותרת של כ-10 דקות. אך בית כנסת - אין, ובשלב זה הובטח כלעג לרש שיביאו למתפללים מכולה אולי בעוד חצי שנה לצורך קיום התפילה. אני מקווה שמפקד היחידה והרמטכ"ל יחזירו את הכבוד ליהדות וללוחמים, וידאגו לבית כנסת ראוי לשמו ביחידה הרב-מימדית".
היחידה הרב ממדית רפאים (יחידה 888), היא יחידה קרבית מיוחדת בצה"ל, שהוקמה ביוזמת הרמטכ"ל אביב כוכבי, ומיועדת ללחימה בשטחים מבוצרים תוך מימוש עיקרון שדה הקרב המשולב הרב ממדי. היא מהווה יחידת מודל לשינויים עתידיים ביחידות התמרון של צה"ל, ומיועדת להילחם בכל זירות הלחימה ובכל תוואי שטח בהתאם למאפייניו ולאתגריו המשתנים, תוך שהיא משמשת ככוח מתמרן רב זרועי, בעל כושר לחימה גבוה - לאיתור, לחשיפה ולהשמדת אויב.
רפאים משלבת יכולות חי"ר, שריון, הנדסה קרבית, נ"ט, אוויר ומודיעין ומורכבת מלוחמים שהגיעו מסיירות חטיבות החי"ר השונות, יחידת יהל"ם, בלנ״מ 444, דובדבן, מגלן, אגוז, ופלס"ר שריון, וכן מקציני מודיעין, תקשוב וחיל אוויר.