חז"ל הגדירו את המים שאנו נוטלים בסעודה כך: המים שאנו נוטלים לפני הסעודה על מנת לאכול נקראים מים ראשונים; מים אמצעיים – תוך כדי הסעודה, לצרכים שונים; ומים אחרונים בסיום הסעודה, לפני ברכת המזון .
הגמרא בחולין נתנה שני טעמים למים אחרונים: מפני נקיות הידיים לפני ברכת המזון או מפני 'מלח סדומית' המצוי במאכלים ומסוגל לסמא את העיניים. (אף שבתוספות מובא ש'מלח סדומית' אינו מצוי בינינו כיום.
ובזוהר מובא שיש במים אחרונים סוד גדול ונורא, ונחלקו המנהגים למעשה.
המחבר בסימן קפ"א קובע: "מים אחרונים חובה". אף שבסוף הסימן כתב: "ויש שאין נוהגים ליטול מים אחרונים". מנהג הספרדים ליטול מים אחרונים וכך פסק הגר"מ אליהו ואף הוסיף שלדעת הרמב"ם והגר"א אין להקל, ובפרט בארץ ישראל.
והגר"ע יוסף כתב שיש לחייב נשים כאנשים במים אחרונים, שאם נוטלים מפני הסכנה, אין לחלק ביניהם. אך רבים מפוסקי האשכנזים כתבו שיש מקילים בזה, ולשיטתם נשים מקילות במים אחרונים, כיוון שכיום אוכלים בסכו"ם ואין טעם הנטילה אלא מדברי קבלה ואין נשים מקפידות בחומרות שיסודן בסוד ה'.
בכל אופן, לכל השיטות - אם התלכלכו ידיו של אדם תוך כדי סעודתו, ינקה וייטול ידיו קודם ברכת המזון, "שידיים המזוהמות מן האכילה פסולת לברכה".
נוהגים להסיר את ה'מים אחרונים' מעל גבי השולחן בעת שמברכים ברכת המזון. אין צורך ליטול אלא עד הפרק השני של האצבעות ויש שנהגו עד תחילת היד, ובוודאי שלא נכון לזרות רק מעט מים על ראשי האצבעות. אם לא מצויים מים בסיום הסעודה, ניתן ליטול ידיים אף בשאר משקים .
ראוי שלא להפסיק בדיבור ואפילו לא בדברי תורה בין מים אחרונים לברכת המזון, והמקפיד על מים אחרונים ודיבר, ואפילו בדברי תורה – ייטול שוב ידיו .
הנוהגים לומר פסוקים קודם ברכת המזון (ספרדים הנוהגים לומר קודם ברכת המזון "אברכה את ה' וגו'"... יאמרו את הפסוקים לאחר מים אחרונים) .
אין להסיר את הלחם עד לאחר ברכת המזון, כדי שתהיה פת מונחת על השולחן בשעת ברכת המזון, להראות כי יש שפע מאת ה', לאכול ולהותיר, וכן אין הברכה שורה על דבר ריק, כפי שאמר אלישע לאשת עובדיה: "מה יש לך בבית?".
מותר לזרוק פירורים שאין בהם כזית. אך יש להיזהר שלא לזורקם בביזיון, משום שדבר זה גורם עניות לא עלינו, ולכן עדיף לעוטפם בשקית באופן מכובד ואז לזורקם.
יש הנוהגים להוציא מהשולחן קודם ברכת המזון את הסכינים או לכסותם, משני טעמים: מפני ששולחן דומה למזבח ואין מניפים עליו ברזל, או מפני מעשה שהיה באחד שברך ברכת המזון והגיע לברכת 'בונה ירושלים' ומרוב צערו דקר עצמו. ואף שאין חשש כיום לטעם השני, יש שנהגו להסירם ביום חול ולא בשבת.
ראוי לעשות את ההכנות הנדרשות לברכת המזון, ולאומרה בכוונה, שכך כתב ספר החינוך (מצוה ת"ל), "דכל הזהיר בברכת המזון, מזונותיו מצויים לו כל ימיו בכבוד".